نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاه قم در سال 1377 با هدف تعميق معنويت در دانشگاه قم با مسؤوليت حجت‌الاسلام و المسلمين رمضاني شروع به کار نمود و پس از آن حجت‌الاسلام و المسلمين دکتر محمدعلي راغبي مسؤوليت اين نهاد مقدس را عهده‌دار شد که در زمان تصدي ايشان گام‌هاي مثبتي در زمينه‌هاي مختلف فرهنگي دانشجويان برداشته شد.

حجت‌الاسلام و المسلمين نجف نجفي روحاني نيز ديگر مسؤول نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاه قم بودند که اقدامات زيربنايي مثبتي را بنا نهادند.

هم اکنون نيز مسؤوليت نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاه قم بر عهده حجت‌الاسلام و المسلمين دکتر محمدمهدي کرمي، مي‌باشد.

اهتمام ويژه به استادان و نخبگان دانشگاهي، تقويت دفتر هم‌انديشي استادان، کرسي‌هاي آزادانديشي دانشجويان، دفتر مطالعات راهبردي و... از جمله فعاليت‌هاي اين نهاد محسوب مي‌شوند.

در حال حاضر نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاه قم به بخش‌هاي: حوزه رياست، معاون فرهنگي، مديريت اجرايي و واحد خواهران  و در دانشگاه‌هاي استان قم که از سال 1387 به نهاد نمايندگي دانشگاه قم واگذار شده است نيز به بخش‌هاي حوزه رياست، معاون فرهنگي و مدير هماهنگ و اجرايي تقسيم مي‌شود.